
Nejstarší zmínka o Měříně z roku 1298 uvádí: "Za opata Muky ve čtvrtek po svatodušních svátcích 29. května r. 1298 založil král Václav II. se svolením olomouckého biskupa Dětřicha v Měříně proboštství řádu sv. Benedikta na čest a slávu sv. Jana Křtitele pro šest bratří a probošta". Benediktini přestavěli původní dřevěný kostelík na trojlodní románskou baziliku. Její architektura i kamenická výzdoba ukazují na souvislost se stavbou baziliky benediktinského kláštera v Třebíči. Z této doby se zachoval bohatě zdobený ústupkový portál. Ten byl sice později zazděn, nicméně po požáru v 18. století byl objeven a v 19. století byl obnoven.
Ve 14. stol. byl kostel rozšířen na východní straně o obdélníkový gotický presbytář, na severní straně byla přistavěna kaple Panny Marie a na jižní straně presbytáře menší boční portál. V 18. stol. byl kostel barokně upraven, románská dispozice a některé románské a gotické části zůstaly zachovány. Kostel v té době také dostal novou věž.
Poslední zmínka o klášteru je z roku 1466, kdy je zmiňován probošt kněz Dominik. V roce 1556 získali páni z Pernštejna statky probošství do svého vlastnictví.
V boční kapli Panny Marie jsou od roku 1781 ostatky sv. Donáta, dnes umístěny ve skleněné rakvi. Roku 1978 zde byly odkryty gotické a renesanční fresky.
Před vstupem do kaple je pozůstatek pranýře – kamenný podstavec, řečený „kámen hanby“.
Ze samotného kláštera se nezachovaly žádné stavby.