
Hradby obklopují obvod středověkého města ve vejčitém tvaru, daném průběhem Zlaté stoky a bývalého zámeckého parku (původně bažin západně od města). Zachovány tři funkční brány – Budějovická na severozápadě, Hradecká na východě a Svinenská s vnější Novohradskou na jihu. Bývalou Břilickou bránu pohltila spojovací chodba mezi zámkem a farním kostelem. Všechny byly původně vybaveny padacími mosty. Svinenská a Novohradská brána se dochovaly ve vrcholně renesanční podobě, Budějovická vznikla v pozdní renesanci, Hradecká přestavěna 1875. Všechny jsou součástí sousedících objektů.
Město původně opevněno palisádami a příkopy. Kamenné hradby doloženy 1379 a 1395, v letech 1422 a 1423 odolalo husitům. Pozdně gotické opevnění postavil 1525–27 na příkaz Petra z Rožmberka Štěpánek Netolický, dále zdokonalováno v průběhu 16. i na počátku 17. století, naposledy dobýváno císařskými 1620–22. Od 18. stol. degradovalo, část parkánů se změnila v zahrádky. Koncem 19. stol. zčásti zbořeno, v okolí pivovaru bašty novogoticky upraveny. Třeboň je pravděpodobně jediným městem u nás, které má zachovány všechny městské brány.