
Kostel je jednolodní stavba s pětibokým presbytářem, ve kterém jsou zachovány horní části původních gotických oken s kružbami. Zdi jsou vně i uvnitř členěny toskánskými pilastry. Loď je sklenuta valeně s lunetami a výsečemi, presbytář má křížovou klenbu v závěru s paprsčitými žebry.
Koncem 14. století byl upravován, na konci 16. století k němu byla připojena nově postavená jezuitská kolej. Po požáru roku 1615 byl v letech 1628-32 raně barokně obnoven. Roku 1778 byl po zrušení jezuitského řádu kostel odsvěcen a od následujícího roku sloužil císařské armádě. Roku 1995 přešel celý areál na město Jindřichův Hradec a po rekonstrukci v letech 1997-1998 slouží kostel kulturním a společenským účelům jako koncertní a obřadní síň. Obdobné využití čeká po dokončení rekonstrukce i na bývalou jezuitskou kolej..