
Klášter s kostelem stojí na východním okraji historického města, nad rybníkem Vajgar. Exposice přístupná denně mimo pondělí 9.00–12.00, 13.00–16.00.
století. Tvoří ji dlouhá a široká hlavní loď s mírně šikmo přisazeným presbytářem, orientovaným k jihovýchodu a podstatně užší a nižší jižní boční loď. Zevně omítnutý presbytář s opěráky. Gotická hrotitá okna s kružbami. Na štítě nad vítězným obloukem nasazena věžice s kamennou jehlancovou helmicí. Hlavní loď zaklenuta po husitských válkách síťovou klenbou, presbytář a jižní boční loď křížovou klenbou. Na jižním boku presbytáře kaple sv. Mikuláše, na severním sakristie. Uvnitř kostela zachovány gotické malby z poloviny 14. až z konce 15. století, zařízení většinou barokní. Řada cenných náhrobků ze 14.–17. století. Křídla rajského dvora kláštera jsou zaklenuty křížovými klenbami. Soukenická kaple (kapitulní síň) s vrcholně gotickou síťovou klenbou, po požáru 1801 ubourán presbytář. U severovýchodního rohu ambitu barokní špitální kaple Nanebevzetí Panny Marie, po zrušení kláštera sýpka..
Jana Křtitele stavěn po několik desetiletí. Nejstarší částí je jižní zeď presbytáře a dvě nejvýchodnější klenební pole jižní boční lodi. V letech 1320–50 dostavěn presbytář a jižní loď, hlavní loď snad v té době sklenuta. Roku 1434 vypálen husity, poté dlouhodobá obnova (do roku 1480?), nově zaklenuta hlavní a část boční lodě. Velké opravy v letech 1597, 1608 (po požáru), 1787 a 1891–95 (J. Kocáb). V současné době probíhají dlouhodobé restaurační práce. Rajský dvůr kláštera stavěn od roku 1369, Soukenická kaple (kapitulní síň) 1375. Stavba poškozena požárem roku 1434, poté dlouhotrvající opravy (do konce 15. století). Po dlouhotrvajících sporech s vrchností a úpadku konventu odešli zbylí mniši roku 1560 do Jihlavy. V objektu byl zřízen vrchnostenský špitál, kostel dočasně využívali jezuité. Znovu vyhořel roku 1801. Dnes druhé sídlo Muzea Jindřichohradecka..