
Tvrz byla vystavěna na ostrově mezi rameny řeky Nežárky ve 14. století. Prvními známými držiteli byli páni z Mezimostí, z nichž se jako první připomíná v letech 1322–1359 Jeník z Mezimostí. Jeho nástupce (od r. 1369) Dobeš z Mezimostí prodal r. 1380 tvrz Oldřichu z Rožmberka. Koncem 14. století patřilo Mezimostí Vilému z Landštejna, od počátku 15. století již natrvalo Rožmberkům, kteří je připojili k třeboňskému panství. Malá, neužívaná tvrz pak brzy zanikla. Když r. 1465 prodával Jan z Rožmberka místní dvůr městu Mezimostí, vyhradil si kopec, „kdež jest tvrz byla“.
Pokud víme, drželi ji nejprve páni z Mezimostí, kteří nosili na štítě svém psa stojícího, od pravé k levé straně hledícího. Členové rodiny této, pokud je známe, rádi se nazývali Jeníky, a to otec i synové. Jeden Jeník, totiž otec, připomíná se k r. 1322 při prodeji hradu Choustníka. Jest to také snad onen Jeník, jenž vedlé rytířúv a služebníků pánův z Landšteina roku 1356 v Bystřici pečeť svou přitiskl k listině, v níž Landšteinové čtvrtinu hradu svého Tirnšteina prodali. Zůstávaje v službách pánův těchto přítomen byl také, když byly prodány Nové Hrady roku 1359, a držel také v ty časy zboží Drahovské, jenž však po nedlouhém čase pánům z Hradce prodal. Také Mezimostí již v pozdějších dobách v jeho držení nenacházíme. Od r. 1360 vyskytují se dva bratři: Jeník starší a Jeník mladší z Mezimostí. Soudíme-li právě, že Mezimostí spolu s Drahovem prodáno bylo, dostalo se Oldřichovi mladšímu z Hradce z rodu Vítkovcův, jehož r. 1361-1367 jako pána podacího kostelního v Drahově nacházíme. Ale již r. 1369 drželi Drahov jiní dva Vítkovci, Dobeš z Mezimostí a Litold z Landšteina, z nichž Dobeš držel tvrz a městečko Mezimostí a zároveň také zboží Bernartické, po němž se také psával. Ale i on nedržel Mezimostí dlouho, nýbrž prodal je již r. 1380. Zápisu o tom nám se nedostává, než jest list, v němž vyznávají r. 1380, 6. května Dobeš z Mezimostí řečený z Bernartic a Vlček ze Sedlce, že jim Oldřich z Rožemberka za prodané zboží Mezimostské trhové peníze zaplatil, že jej pro 300 kop, jež jim dlužen zůstával, napomínati nemají. Dobeš se uchýlil odtud na Drahov, jejž si byl podržel a psával se i potom z Mezimostí neb z Drahova; r. 1394 byl již mrtev. S manželkou Kačnou byl splodil dva syny, Buzka a Jindřicha, kteří na počátku 15. století Drahov drželi. Bratři tito, píšící se též z Maršovic, starožitného erbu rodu svého růže pětilisté užívali, ačkoliv již v chudobu upadše, nijak se bohatým svým strýcům nevyrovnali. Páni z Rožemberka nezůstali nyní ještě v stálém držení Mezimostí, neb ke sklonku téhož století nabyl Mezimostí Vilém z Landšteina nejvyšší komorník (syn Vítkův) zakoupením od Oldřicha z Rožemberka. Vilém daroval r. 1398 dne 29. dubna obyvatelům městeček svých Mezimostí a Ledenic a vesnice Štěpánova odúmrti a dovolil jim dělat řemesla a vařiti piva. Vláda jeho na Mezimostí trvala toliko krátký čas, neb již na počátku 15. století drželi Mezimostí páni z Rožemberka a již je od panství svých dědičných neodlučujíce navždy k panství Třeboňskému je připojili. Jindřich z Rožemberka (+ r. 1412) daroval jisté platy na Mezimostí klášteru v Ústí Sezimově, začež se dotčený klášter r. 1408 zavázal, že bude výroční mše zádušní za rodiče Jindřichovy Oldřicha (+1390) a Elišku (+1387) sloužiti. Malé hrádky a tvrze na panství Rožemberských záhy zanikaly, poněvadž páni obyčejně jen na větších svých hradech přebývali a přitom na množství sídel a dvorův, kde jen úředníci přebývali, dosti peněz na opravy nakládali. Protože nebylo úředníka na Mezimostí, tvrz naše spustla; pomalu i hospodářství na dvoře zdejším se nevyplácelo. Prodal tudíž Jan z Rožemberka (+1472) r. 1465, 17. října dvůr svůj v Mezimostí se všemi dědinami a příslušenstvím za 60 kop gr. obyvatelům městečka Mezimostí, tak aby mu z toho ročního platu 4 kopy dávali, a vymínil si toliko lísku pod Řípcem, a "kopec, jakož jest tvrz byla" i s příkopem a haltéřem tudíž, též doubí v oboře. Za to povinni byli Mezimostští pánu ze dvora platiti úrok polouletní dvě kopy grošův a faráři Veselskému 3 čbery žita, tolikéž ječmene a též ovsa, desátku, odváděti..