
Na základech tvrze byla počátkem 18. století postavena barokní sýpka.
Původní tvrz, zděná budova čtvercového půdorysu se silnými zdmi, 13 x 13 m, byla chráněna hlubokým vodním příkopem. Na vnější straně měl příkop vysoký násep s kamennou hradbou. Příkop napájela voda z několika rybníků, propojených hlubokými strouhami. Tvrz měla přístup ze severu branou a přes padací most. Z této strany bylo nádvoří s hospodářskými staveními, zřejmě dřevěnými.
Barokní dvoupatrová sýpka, o čtvercovém půdorysu 15 x 15 m, je postavena ze smíšeného zdiva, obsahujícího bohatě druhotně použité fragmenty barokního kamenného ostění oken. Přízemí a patro osvětleno pravidelně rozmístěnými malými obdélnými okénky. Mohutný jehlancový krov sloužil jako další skladovací prostory. Sýpku chránil vodní příkop původní tvrze.
Za hospodaření J. Holeše po pozemkové reformě r. 1923 a r. 1952 po převedení sýpky do státního majetku byla probourána větší okna, v této době bylo také přízemí rozděleno příčkami a byl proražen nový dveřní otvor.
Při rekonstrukci byl nalezen barevný renesanční kachel s figurální výzdobou, zdobený skutečným zlatem. Jde teprve o druhý takový kachel nalezený v Čechách a prozatím zůstává nezodpovězenou otázkou, který majitel tvrze si mohl tak nákladné vybavení dovolit.
Pernolecké panské sídlo existovalo zřejmě již v polovině 13. století, ovšem neví se jakou mělo podobu nebo kde stávalo. Toto sídlo nahradila tvrz při východním okraji vsi, která byla postavena zřejmě až ve 14. století, prvně zmiňovaná r. 1454 (r. 1414 podle Zdeňka Procházky – Ročenka klubu A. Sedláčka). Není zřejmé, kdo byl jejím stavitelem. Tvrz měla patrně strážní funkci (mohutné zdivo, důmyslný nákladný zavodňovací systém). Poslední z Přibyslavových potomků, Otík z Pernolce, prodal r. 1414 svou část vsi s poplužním dvorem Hanušovi Pehmovi z Osova. Po jeho synu Petrovi, který zemřel roku 1439 bez potomků, byl celý statek jako odúmrť připojen k majetku královské koruny. Roku 1454 pernolecké panství získal Levhart z Vidžína a jeho syn Zikmund. Vzrůstajícím významem nově založeného královského města Tachova s hradem poklesl význam tvrze. Od konce 15. století se zmiňuje téměř výhradně jako "dvůr Pernolc", z čehož lze usoudit, že tvrz již nebyla trvale obývána. Někdy po roce 1500 přešel pernolecký majetek na rod rytířů z Trautenbergu. Jako první jej držel Jan. Mezi jeho dědici Erhartem a Ondřejem došlo ke sporu o majetek, který musel řešit r. 1528 zemský soud. R. 1533 držel statek Vilém. On, nebo některý z jeho dědiců pronajal Pernolec pánům z Reitzensteina, kteří se zmiňují jako držitelé Pernolce roku 1537. Roku 1539 se Pernolec již opět uvádí jako majetek Viléma. Vilém byl patrně poslední z rodu Trautenbegárů, který tvrz držel – krátce nato se jako majitel zmiňuje Kryštof Siebenhar z Almerschwindenu, poté se v držení tvrze vystřídala řada majitelů. Roku 1620 získal tvrz Jan Vilém Kfelíř ze Zakšova a připojil ji ke svému panství Staré Sedliště a statku Částkov. Od té doby tvrz s určitostí již nebyla obývána. R. 1623 byl majetek J. V. Kfelíře ze Zakšova zkonfiskován pro jeho účast na stavovském povstání a r. 1624 byl prodán Janovi staršímu Říčanskému Kavkovi z Říčan. R. 1657 koupil tvrz od jeho dědiců Marek Alexander z Brisigelle. Vdova po něm prodala Částkov a Pernolec r. 1718 hraběti Janu Antonínu Losymu z Losinthalu, který tento majetek připojil ke svému tachovskému panství. Průzkum stavby r. 1984 odhalil, že se nejedná o původní tvrz, ale o barokní sýpku, která byla postavena na začátku 18. století na základech tvrze. Do poloviny 19. století ji chránil vodní příkop bývalé tvrze (později zasypán, obnoven po r. 2004). Po pozemkové reformě vlastnil zdejší statek od r. 1921 J. Holeš a od r. 1928 K. Fleischmann. Roku 1945 byla sýpka zestátněna, poté byla v majetku Státního statku v Tachově. Svému účelu sloužila do počátku 2. poloviny 20. století. Od té doby nevyužita chátrala. Od roku 1958 patří mezi památkově chráněné objekty ČR. Tvrz koupili od přímé restituentky roku 2004 manželé Turnerovi (Martin Turner), kteří ji následně zrekonstruovali na obytné stavení..