
První písemná zmínka o lounském farním kostele pochází z roku 1332, který byl vystavěn pravděpodobně v románském nebo ranně gotickém slohu. Tehdy byl ještě zasvěcen sv. Kříži. Koncem 40. let 14. století byl totiž kostel poškozen požárem, a tak roku 1347 postavil Pešek Wandy novou věž. Z tohoto období se zachovala její spodní část s úzkými hrotitými okénky. Současně s přestavbou kostela v 80. letech došlo také ke změně patrocinia. Kostel byl zasvěcen sv. Mikuláši.
Chrám byl téměř úplně zničen velkým požárem města roku 1517. Po požáru nechalo město Louny na místě původního kostela postavit kostel nový. Stavitelé chrámu Benedikt Rejt z Pístova a pravděpodobně i Pavel z Pardubic z původního kostela zachovali pouze zdivo věže a v pozdně gotickém slohu zbudovali trojlodní stavbu s krásnou žebrovou klenbou na pilířích. Charakteristický rys lounského chrámu tvoří štíhlé stanové střechy kryté břidlicí. Jsou dílem lounského tesaře mistra Eliáše. Pýchou kostela je pozdně gotický vchod na jižní straně se síťovou klenbou a portálem zdobeným renesančními ornamenty kolem dveří. Perlou vnitřního vybavení chrámu je kamenná kazatelna z roku 1540 zdobená trojlístky a liliemi. Vchod na ni zkrášlují květy a dva andílci v renesančním slohu.
Pod vedením architekta Josefa Mockera a později Kamila Hilberta v letech 1885 – 1902 byla provedena celková oprava kostela. Další opravy byly provedeny koncem 20. stol. a dokončeny v r. 1992.
Kostel sv. Mikuláše v Lounech byl v roce 1994 vyhlášen Národní kulturní památkou. Kostel je dominantou a chloubou města a jedno z vrcholných děl české pozdní gotiky.
V současné době je možno vystoupit na ochoz věže, ze kterého je krásný výhled na celé město Louny a okolí s Českým středohořím.