
Interiér kostela je monumentální. V půlkruhově uzavřeném presbytáři je na oltáři obraz znázorňující předání klíčů sv. Petrovi. Autorem štukové výzdoby klenby je Giovanni Battista Falconi. Jako zajímavost lze uvést, že v tomto kostele, v kopuli, se nachází nejdelší Foucaultovo kyvadlo na území Polska, jehož délka je 46,5 m. Oplocení před kostelem se sochami dvanácti apoštolů pochází z roku 1722. Naproti kostelu, na malém náměstí sv. Máří Magdaleny, stojí pomník Piotra Skargy, teologa, písaře, kazatele a zpovědníka krále Zikmunda III. Wasy, díky jehož přímluvám král věnoval prostředky na výstavbu kostela. Hrob tohoto jezuity je v kryptě kostela.
Kostel svatých apoštolů Petra a Pavla je prvním chrámem vybudovaným v barokním slohu v Polsku. Byl postaven mezi roky 1597-1619 za vlády krále Zikmunda III. Wasy pro jezuitský řád. K jeho vysvěcení došlo až v roce 1653, protože stavba neprobíhala hladce. Teprve až třetímu architektovi se podařilo zastřešit kostel kopulí a vytvořit impozantní fasádu osázenou dolomitovými bloky. Po zrušení jezuitského řádu v roce 1773 se kostel dostal do správy Jagellonské univerzity. Od roku 1786 v něm sídlil řád cisterciáků. V roce 1832 se stal kostelem farním.