
Kostel a klášter stojí na vyvýšeném místě mezi Vislou a bývalými mokřady, což jejich areálu od středověku dávalo také obranný význam. Z původní románské stavby se zachovaly části zdiva v kryptě, fragmenty cihlového arkádového vlysu a především pozdně románský kamenný portál, který patří k nejstarším dochovaným prvkům kostela. Současná podoba chrámu vznikala hlavně při přestavbě v letech 1595–1626, kdy byl původní kostel upraven v pozdně renesančním a raně barokním duchu. Klášterní budovy byly podle plánů Giovanniho Trevana sjednoceny po požáru roku 1587 a v 17. století dále barokně upraveny. Areál si zachoval také obranný charakter – obklopují jej mohutné zdi se střílnami a zbytky věží. Interiér kostela získal převážně barokní podobu v 17. a 18. století. Nacházejí se zde barokní oltáře a štuková výzdoba, klasicistní kolonáda v presbytáři podle návrhu Sebastiana Sierakowského a obraz sv. Jana Křtitele od Władysława Łuszczkiewicze z roku 1876. Významným místem je také oltář blahoslavené Bronislavy s jejími ostatky.
Stavba kostela sv. Augustina a sv. Jana Křtitele začala před rokem 1176 a kolem roku 1181 jej pravděpodobně vysvětil krakovský biskup Gedko. Původní areál několikrát poničily války, požáry a povodně. Roku 1241 jej zničili Tataři a sestry se dočasně uchýlily ke kostelu sv. Salvátora. Významnou osobností spojenou s klášterem byla blahoslavená Bronislava, členka zdejší komunity ze 13. století, která se podílela na obnově kláštera po tatarském vpádu. Po požáru a zničení Zwierzyńce v roce 1587 zahájila abatyše Dorota Kątská rozsáhlou obnovu a rozšíření celého areálu. V 17. století klášter znovu poškodila švédská vojska a následovala další obnova. Norbertinky však přečkaly i rušení klášterů v době dělení Polska a komunita na Zwierzynci působí dodnes..