
Klášter tvoří soubor budov navazujících přímo na baziliku Božího Těla a uspořádaných kolem dvou vnitřních rajských dvorů. Nejstarší části vznikaly v 1. polovině 15. století; nejprve bylo vybudováno jižní křídlo u východního dvora, následovalo křídlo západní a na přelomu 15. a 16. století další jižní křídlo. V 17. století byl celý areál výrazně rozšířen a přestavěn v barokním a manýristickém duchu. Tehdy vznikla především severní a východní křídla obou dvorů a později také samostatné západní křídlo. Na severní straně areál uzavírá bývalá klášterní a farní škola z 16.–17. století. Komplex obklopuje také kamenná a cihlová zeď s dvojicí manýristických bran, zdobených znakem řádu. V zahradě se dochoval také drobný osmiboký zahradní altán ze 17. století. Vedle samotné architektury jsou cennou součástí kláštera také historické interiéry, knihovna a archiv. Knihovna uchovává rukopisy, liturgické knihy, 238 inkunábulí a téměř 8 000 starých tisků.
Stavba gotického chrámu začala ve 14. století a pokračovala i v následujícím století. Stavba je cihlová gotická bazilika se třemi loděmi, protáhlým presbytářem a vysokou věží. Západní průčelí zdobí stupňovitý štít s výklenky a sochami Krista, Panny Marie a sv. Jana Evangelisty. V průběhu staletí se měnil především interiér, který dnes nese převážně barokní podobu. K nejvýznamnějším prvkům patří monumentální hlavní oltář z roku 1637, vytvořený dílnou Baltazara Kuncze, s obrazy Tommasa Dolabelly, a řezbářsky zdobené kanovnické lavice z let 1624–1632. Pozornost přitahuje také kazatelna ve tvaru lodi. V kostele se nachází mauzoleum sv. Stanislava Kazimierczyka, řeholníka a kazatele z 15. století, i náhrobní deska italského architekta a sochaře Bartolomea Berrecciho, autora Zikmundovské kaple na Wawelu. Během švédského obléhání Krakova v letech 1655–1657 měl v kostele své sídlo král Karel X. Gustav a chrám tehdy utrpěl značné škody. Kostel byl roku 2005 povýšen na baziliku minor..
Kanovníky přivedl do Krakova roku 1405 král Vladislav II. Jagello spolu s krakovským biskupem Piotrem Wyszem z Kłodzka. Prvním představeným nové komunity byl Konrad Niemiec (Aleman), který se zasloužil o rozvoj kostela i kláštera. Komplex se postupně stal významným náboženským a vzdělávacím centrem Kazimierze. Kanovníci zde provozovali školu a od 15. století také knihovnu a skriptorium, kde se opisovaly a zdobily rukopisy. V 17. století klášter prošel velkou přestavbou a za jeho rozvoj byl zodpovědný zejména probošt Marcin Kłoczyński. V klášteře působili také kronikáři a historikové řádu, mezi nimi především Stefan Ranatowicz, jehož dílo patří k důležitým pramenům k dějinám Kazimierze a kláštera. Komplex přečkal období švédských válek i pozdější zánik polského státu a na rozdíl od mnoha jiných řeholních institucí v Krakově přežil také zrušení klášterů v 19. století. Dodnes je sídlem krakovské komunity kanovníků, jejich noviciátu a vyššího semináře..