
Klášterní areál na Skałce vznikal postupně a jeho dnešní podoba je výsledkem několika staletí stavebního vývoje. Nejstarší kostelní stavby se nedochovaly v původní podobě. Klášterní budovy byly postupně rozšiřovány především v 17. a na počátku 18. století. Jejich uspořádání se soustřeďuje kolem vnitřního dvora a svým charakterem připomíná renesanční palác. Budovy mají mohutný, poměrně uzavřený vzhled a součástí areálu je také zahrada a historická studna sv. Stanislava.
Dnešní kostel vznikl v letech 1733–1751 jako náhrada staršího gotického chrámu. Na jeho projektu se podíleli architekti Antoni Gerhard Müntzer a později Antoni Solari. Jde o pozdně barokní kostel s hlavní lodí a dvěma bočními loděmi. Hlavní průčelí je zakončeno dvěma věžemi a před kostelem se nachází široká terasa s monumentálním dvouramenným schodištěm. Právě pod touto terasou byla v 19. století vybudována Krypta zasloužilých, která je dnes jednou z charakteristických částí celého areálu.
Interiér kostela je bohatě zdobený, ale jeho základní uspořádání zůstává přehledné. Hlavní loď a presbytář jsou zaklenuty a stěny člení pilastry a arkády. Po stranách se nacházejí kaple s barokními oltáři, z nichž některé jsou zhotoveny z místního mramoru. Hlavní oltář je věnován sv. Michaelu archandělovi a jeho ústřední obraz od Tadeusze Kuntze zachycuje archanděla Michaela při porážce Lucifera. Na výzdobě interiéru se podíleli sochaři a štukatéři Wojciech Rojowski a Jan Jerzy Lehnert. Součástí interiéru je také barokní kazatelna a varhanní kruchta. Část dnešní výzdoby pochází z obnovy kostela na konci 19. století, kdy byly některé starší prvky restaurovány nebo doplněny.
Jeho historie je spojena především s krakovským biskupem Stanislavem ze Szczepanowa. Podle tradice byl zde roku 1079 na příkaz krále Boleslava II. Smělého zabit. Stanislav byl později prohlášen za svatého a jeho mučednická smrt se stala jednou z významných událostí polských církevních dějin. Skałka se proto postupně proměnila v poutní místo spojené s jeho kultem. Význam místa vzrostl po Stanislavově kanonizaci roku 1253. Roku 1472 sem z iniciativy krakovského kronikáře Jana Długosze přišli paulíni z Jasné Hory. Długosz usiloval o obnovu zdejšího kostela a péči o poutní místo a zároveň zajistil klášteru potřebné majetkové zázemí. Paulini na Skałce působí dodnes. Długosz, který zemřel roku 1480, byl podle svého přání pohřben právě zde. Klášter se postupně stal také místem vzdělávání; působila zde škola a později filozoficko-teologické studium pro členy řádu. Původní gotický kostel byl během 17. století několikrát poškozen, mimo jiné v souvislosti se švédským vpádem, a jeho stav se postupně zhoršoval. Roku 1733 proto paulini rozhodli o jeho zboření a výstavbě nového chrámu. Stavba probíhala až do roku 1751 a vznikl při ní dnešní kostel zasvěcený sv. Michaelu archandělovi a sv. Stanislavovi. Na konci 19. století prošel celý areál rozsáhlou obnovou. Významnou součástí této proměny se stala Krypta zasloužilých, vybudovaná v letech 1876–1880 pod terasou před kostelem. Byli zde postupně pohřbeni významní představitelé polské literatury, umění, hudby a vědy, například Adam Asnyk, Józef Ignacy Kraszewski, Stanisław Wyspiański, Jacek Malczewski, Karol Szymanowski nebo Czesław Miłosz. Významnou událostí novější historie byla návštěva papeže Jana Pavla II. v roce 1979 při připomínce 900. výročí smrti sv. Stanislava. Roku 2004 byl kostel povýšen na baziliku minor..