
Kostel je orientovaná jednolodní stavba se závěrem v podobě apsidy. Jeho půdorysná a hmotová podoba odráží postupný stavební vývoj od románského založení po barokní přestavby. Loď je rozdělena do tří klenebních polí, z nichž dvě mají obdélný půdorys, zatímco západní pole má nepravidelný, přibližně lichoběžníkový tvar. Nad lodí se nachází osmiboká sanktusníková věžička s lucernou, završenou drobnou kopulí a křížem. Vnější podoba chrámu je výsledkem zejména barokní přestavby. Interiér má převážně pozdně barokní charakter. Hlavní oltář z roku 1730, dar Jana Maruchowicze z Książa Wielkiego, je barokní s obrazem Panny Marie s Dítětem. Po jeho stranách stojí sochy sv. Jana Křtitele a sv. Jana Evangelisty, tradičně připisované A. Frąckiewiczovi. V lodi jsou čtyři menší pozdně barokní boční oltáře s obrazy a sochařskými prvky věnovanými mimo jiné Obětování Panny Marie, Křtu Krista v Jordánu, sv. Janu Evangelistovi a Ukřižování. Kruchta vznikla v letech 1738–1740 a byla v polovině 19. století rozšířena.
Jana Evangelisty (Kościół św. Jana Chrzciciela i Jana Ewangelisty), situovaný na nároží ulic św. Jana a św. Tomasza v historickém centru Krakova, patří k nejstarším sakrálním stavbám města. Podle tradice byl založen v první polovině 12. století Piotrem Włostowicem ze Skrzynna. Původní stavba byla románská; archeologický průzkum provedený na počátku 20. století doložil v prostoru dnešního kostela relikty této nejstarší stavební fáze. V románském období byla stavba z opracovaného kamene, zatímco mladší stavební etapy využívají převážně cihlové zdivo. Na počátku 14. století byl kostel filiálním chrámem pod správou archipresbyterátu při kostele Panny Marie; roku 1325 se stal kostelem farním. V průběhu 14. století došlo pravděpodobně k odstranění původní půlkruhové apsidy a k úpravě východního závěru. Roku 1659 byl kostel znovu vysvěcen. Výraznější stavební zásah následoval kolem poloviny 17. století: loď byla prodloužena směrem k západu o jedno klenební pole, obvodové zdivo bylo zvýšeno a zesíleno a byly doplněny opěrné prvky, nová fasáda a klenby. Z této stavební etapy pochází také barokní charakter průčelí s obrazem Panny Marie Milosrdné (Matki Bożej Łaskawej). Zásadní proměna kostela proběhla v první polovině 18. století v souvislosti s jeho převzetím řeholní komunitou sester prezentek (Zgromadzenie Panien Ofiarowania Najświętszej Maryi Panny). Sestry prezentky, jejichž vznik v Krakově je spojen se Zofií z Maciejowskich Czeskou v první polovině 17. století, se věnovaly zejména výchově a vzdělávání dívek; při kostele byla následně vybudována také klášterní zástavba. V roce 1715 kostel přešel do jejich užívání a v letech 1715–1726 proběhla rozsáhlá přestavba vedená architektem Kasprem Bażankou. Podle krakovské encyklopedie se v této etapě uskutečnila celková obnova a rozšíření stavby, vznikla nová sakristie a menší klenotnice a byl upraven východní závěr s novou menší apsidou. Roku 1726 se chrám stal majetkem sester prezentek, jimž jej daroval krakovský biskup Kazimierz Łubieński. Následovaly již převážně dílčí opravy a úpravy, doložené pro roky 1776, 1782, 1820 a 1845. V roce 1820 byl mimo jiné osazen kříž na vrcholu lucerny sanktusníkové věžičky. Kostel si tak zachoval složitou stratigrafii, v níž se uplatňují relikty románské a gotické stavby, konstrukce z novověkých přestaveb a barokní architektonické a výtvarné vybavení. Součástí chrámu je rovněž boční kaple s hrobem a ostatky zakladatelky řádu sester prezentek Zofie z Maciejowskich Czeské..