
Kostel je orientovaná cihlová gotická stavba s jednou hlavní lodí, transeptem a dlouhým pravoúhlým presbytářem uzavřeným polygonální apsidou. Podoba nejstaršího kostela není zcela objasněna; podle jedné z hypotéz měl původně půdorys řeckého kříže a nad křížením lodí stála věžička. Z raně gotické fáze se dochovaly části zdiva, architektonické články a stopy původních oken. Významné změny přinesla zejména obnova v 19. století, kdy vznikla novogotická západní fasáda, nové klenby a další části vnitřního vybavení. V interiéru se vedle starších prvků nachází pozdně barokní oltáře, gotické náhrobní desky a kaple bl. Salomey. Mimořádnou součástí dnešní podoby jsou polychromie a vitráže navržené Stanisławem Wyspiańským na přelomu 19. a 20. století, včetně známého vitrážového okna Bůh Otec – Stvoření světa v západní fasádě.
Klášterní budovy přiléhají ke kostelu z jižní strany a vytvářejí několik navzájem propojených částí. Hlavní čtyřkřídlý trakt obklopuje obdélný rajský dvůr, jehož ambity byly dokončeny kolem roku 1455. Další křídla a menší hospodářský dvůr vznikaly postupně, zejména v raném novověku. V ambitech se dochovaly gotické nástěnné malby z 15. století a galerie portrétů krakovských biskupů. Součástí komplexu jsou také kaple, sakristie, knihovna a další prostory, které dokládají dlouhý vývoj klášterního areálu.
Právě zde se roku 1249 konala provinční kapitula mladé česko-polské františkánské provincie a v kostele se konaly také pohřební obřady bl. Salomey, sestry Boleslava Stydlivého. V průběhu 13. a 15. století byl kostel postupně rozšiřován a přestavován. Klášterní budovy vznikaly především ve 14. a 15. století a jejich nejstarší část se soustředila kolem hlavního rajského dvora. Komplex byl několikrát těžce poškozen požáry a válečnými událostmi. Po požáru způsobeném švédskými vojsky roku 1655 následovala rozsáhlá přestavba a další stavební zásahy pokračovaly v následujících stoletích. Zásadní zlom představoval velký krakovský požár roku 1850, který kostel téměř zničil. Obnova probíhala postupně pod vedením Karola Kremera, později Władysława Ekielského a Karola Knausse a dala interiéru výrazně novogotický charakter. Roku 1908 byl kostel znovu konsekrován, protože se nedochovaly doklady o původní konsekraci, a roku 1920 získal titul baziliky minor. Františkánský klášter na místě působí nepřetržitě od středověku..