
Současný kostel sv. Bernarda Sienského představuje raně barokní, trojlodní bazilikální stavbu s příčnou lodí a centrální kupolí. Dvě věže jsou součástí západního průčelí. Celkové prostorové řešení vzniklo v letech 1659–1680 na místě staršího gotického kostela a bylo koncipováno s ohledem na začlenění chrámu do obranného systému Stradomia. Z památkového hlediska je charakteristická především kombinace monumentálního barokního architektonického řešení s principy architektury militaris: vnější hmota je kompaktní a relativně nízká a kopule není zvenčí výrazně exponována, protože je zapuštěna do střešní hmoty. Kostel tak vytváří uzavřenější objem, který současně propojuje reprezentativní sakrální funkci s požadavky obranyschopnosti.
Hlavní západní průčelí je dvouvěžové a představuje jednu z nejvýraznějších částí stavby. Dvojice věží rámuje střední část fasády a vytváří vertikálně komponovaný celek. Korpus kostela je členěn na hlavní loď a boční lodě; příčná loď je završena centrální kupolí, jejíž konstrukce je vzhledem k obrannému charakteru komplexu ukryta v zastřešení. Stavba je zděná, přičemž její dnešní architektonický výraz vychází z raně barokní přestavby po zničení gotického komplexu během švédské okupace. Ke kostelu přiléhá rozsáhlý klášterní areál s obytnými a provozními křídly uspořádanými kolem vnitřních prostor; jeho součástí byl také zahradní areál, hospodářské zázemí a původně hřbitov. Vývoj kláštera se proto neomezoval pouze na vlastní konventní budovu, ale zahrnoval celý uzavřený komplex s komunikačními, hospodářskými a obrannými prvky.
Interiér byl koncipován jako jednotný barokní prostor a jeho vybavení se doplňovalo ještě v 18. století. K nejvýznamnějším dochovaným prvkům patří černomramorový oltář blahoslaveného Šimona z Lipnice, který vytvořil kameník Jacek Zielaski. K výzdobě patří rovněž soubor obrazů bernardýnského malíře Franciszka Lekszyckého, mezi nimi Poslední večeře, První pád Krista pod křížem a Ukřižování. S Lekszyckým je spojován také obraz Tanec smrti, který patří k nejznámějším dílům dochovaným v kostele. V chrámu jsou zastoupena také starší díla, která přežila zkázu původního gotického kostela, zejména pozdně gotická socha sv. Anny Samotřetí, spojovaná s okruhem dílny Víta Stvoše, a socha Krista Trpitele. Významnou součástí areálu je rovněž kaple blahoslaveného Šimona z Lipnice. Soubor interiéru tak představuje kombinaci raně barokní architektury, pozdějšího barokního a rokokového vybavení a několika děl staršího původu.
Ke klášternímu areálu patří také zahrada, jejíž vývoj je doložen od 16. století. Původně měla nepravidelný, přibližně lichoběžníkový půdorys, později byla rozšířena směrem k západu a získala uzavřenější obvod. V 17. století se ustálila její základní podoba, která se v některých částech dochovala dodnes. Původní hřbitov před kostelem byl v průběhu času přeměněn a roku 1734 byl prostor před východní stranou kostela upraven a doplněn zastaveními křížové cesty. Významným prvkem areálu je také studna zasvěcená blahoslavenému Šimonovi z Lipnice, kterou nechal roku 1637 zřídit kustod Leonard Starczewski; její dnešní výtvarná podoba pochází z roku 1907. Památkově chráněný celek tak zahrnuje nejen vlastní kostel a klášterní budovy, ale také části historického zahradního a komunikačního systému.
Kapistrán, který do Krakova přišel na pozvání krále Kazimíra IV. Jagellonského a krakovského biskupa Zbygniewa Oleśnického, zde několik měsíců působil jako kazatel. Jeho činnost vedla k založení prvního konventu observantů v Krakově. Kardinál Oleśnicki poskytl bratřím pozemek na Stradomiu, který byl roku 1454 rozšířen o další pozemky získané od krále Kazimíra Jagellonského. Původně zde vznikl dřevěný kostel zasvěcený sv. Bernardinu Sienskému, jehož jméno se následně přeneslo i na polské observanty, kteří byli v Polsku označováni jako bernardýni. Ještě roku 1454 byla zahájena výstavba zděného kostela a kláštera. Na stavební práce dohlížel kanovník a kronikář Jan Długosz. Výstavba však postupovala pomalu a roku 1473 byl konvent i rozestavěný kostel poškozen požárem. Zděný kostel byl dokončován postupně; roku 1501 krakovský měšťan Paweł Ber financoval dokončení lodi, sakristie a refektáře. V areálu se již roku 1473 uskutečnil také první tisk na území Polska – bernardýni zde vydali kalendář pro rok 1474. Původní pozdně gotický komplex byl v následujících staletích opakovaně poškozován požáry, povodněmi a válečnými událostmi. Roku 1542 utrpěl areál při povodni Visly. V letech 1645–1647 byla provedena rozsáhlejší přestavba starého kostela, při níž byly upraveny klenby a střechy a vybudovány krypty; současně byl rozšířen také klášter. Zásadní zlom však přinesla švédská invaze a obléhání Krakova roku 1655. Bernardýnské předměstí bylo z rozhodnutí obránců města vypáleno, aby nemohlo poskytnout útočícím vojskům úkryt. Gotický kostel i klášterní budovy byly při požáru zničeny. Po skončení války bylo rozhodnuto o výstavbě nového komplexu. Současný kostel vznikal v letech 1659–1680 z fundace Stanisława Witowského, kastelána sandoměřského, a Zofie Ługowské; projekt je připisován krakovskému architektovi Krzysztofu Mieroszewskému. Nový kostel byl vysvěcen roku 1680 a bernardýni se do nových klášterních budov nastěhovali již roku 1676. Novostavba byla koncipována jako raně barokní komplex, zároveň však s ohledem na obrannou funkci areálu. Kostel byl začleněn do městského opevnění a jeho stavební hmota byla záměrně snížena; kopule byla skryta v objemu střechy, aby nevytvářela výrazný cíl pro dělostřelbu. Vybavení interiéru se doplňovalo ještě v průběhu 18. století. K významným dílům patří oltář blahoslaveného Šimona z Lipnice, dílo kameníka Jacka Zielaského, a obrazy bernardýnského malíře pátera Franciszka Lekszyckého. V letech 1728–1732 vznikla v sousedství kostela kaple bernardýnek, s jejichž klášterem byla spojena dřevěnou pavlačí vedenou nad dnešní ulicí Koletek. V roce 1755 začala další obnova kostela a oprava helmice věže. V letech 1758–1765 byly pod kostelem vybudovány krypty. Roku 1766–1767 vznikla reprezentativní brána od ulice Stradom, doplněná kamennými sochami. Klášterní areál byl zároveň postupně upravován včetně zahrady a prostoru někdejšího hřbitova. Velká povodeň roku 1813 zaplavila klášterní zahrady nejméně metrem vody a poškodila také východní křídlo kláštera, které bylo v letech 1822–1839 odstraněno. Komplex bernardýnů je dodnes využíván řeholní komunitou..