Stará a Nová řeka

V rezervaci se nachází Novořecká hráz s velkým množstvím chráněných staletých dubů a lip. Z živočichů je chráněn především ohrožený druh klínatky rohaté, páchníka hnědého nebo tesaříka obrovského, piskoře pruhovaného a kuňky obecné. Důvodem ochrany jsou přirozené lesní porosty, mokřady a populace vzácných a ohrožených druhů živočichů včetně jejich biotopů. Roste zde hlavně blatouch bahenní, bledule jarní, ďáblík bahenní. Mezi vzácné rostliny, které se v rezervaci vyskytují, patří žebratka bahenní, puštička rozprostřená, kosatec žlutý nebo leknín bělostný. Na jihu se vyskytují vzácné porosty statných dubů. Bezobratlí živočichové jsou zastoupeni vzácnými druhy brouků, jako je například tesařík obrovský. Mezi hojné druhy patří bělopásek tavolníkový nebo pavouk lovčík vodní. V močálech se vyskytují některé druhy ptáků jako chřástal vodní, chřástal kropenatý nebo bekasina otavní, je zde také ledňáček říční, který hnízdí na břehu Lužnice nebo ptáci hnízdící v lesích jako čáp černý, orel mořský nebo jestřáb lesní. Nejdůležitější savec v této rezervaci je vydra říční. Přibližně ve středu rezervace se nachází místo zvané Rozvodí. Rozvodí ležící na Lužnici je jakousi vodní křižovatkou vybudovanou při stavbě stok a rybníků. V tomto místě se z Lužnice odděluje kanál Nová řeka, chránící Třeboň a rybník Rožmberk před velkou vodou. Zároveň je sem Odlehčovačem čili Železnou stokou přiváděna voda z Podřezanské stoky. Rozvodí tvoří soustava několika jezů a propustí, které lze v případě povodní zavřít a přesměrovat vodu z Lužnice a případně i Zlaté stoky do Nežárky vodním kanálem Nová řeka. Nová řeka je umělý vodní kanál, který spojuje řeku Lužnici s řekou Nežárkou a slouží k regulaci přítoku vody z Lužnice do rybníka Rožmberka; má délku 13,46 km, šířku až 20 m, sklon 0,9 promile. Plocha povodí měří 74,1 km². Kanál byl vybudován v letech 1585–1587 Jakubem Krčínem z Jelčan. Protože pravidelné jarní a podzimní povodně nepřicházely na Lužnici a Nežárce současně, rozhodl se Krčín část povodňových vod převést do dočasně klidné Nežárky. Plně se zde prokázaly jeho zkušenosti, protože trasa Nové řeky nebyla po celou dobu existence upravována. Zároveň kanál začal plnit funkci napájení rybníků podél jeho toku, např. velké rybníky Nový Vdovec, Ženich a Vyšehrad..