
První zmínka o Flossenbürgu pochází z roku 1125, kdy patřil hraběti Berengarovi I. ze Sulzbachu. Po smrti dalšího z majitelů, bezdětného hraběte Gebharda II., získal hrad r. 1188 císař Fridrich I. Barbarossa. Roku 1212 připadl Flossenbürg dědičně králi Přemyslu Otakarovi I., což mu bylo znovu potvrzeno listinou z r. 1231. Přesto se hradu roku 1253 zmocnil císař Konrád IV., od něhož jej získal jeho tchán, bavorský vévoda Ota. Po dohodě s Přemyslem Otakarem II. se hrad stal opět součástí majetků české koruny, avšak poté byl českými králi často dáván do zástavy.
Roku 1353 vykoupil Flossenbürg Karel IV. od norimberského purkrabího Jana a jeho bratra Albrechta. V roce 1373 přešel jako náhrada na Fridricha Bavorského a o rok později jej do zástavy získal Ota Braniborský. Přestože se králi Jiřímu z Poděbrad podařilo obnovit svůj nárok na tento hrad, již roku 1459 se jej kvůli nedostatku peněz vzdal. V 16. století byl Flossenbürg považován za ztracené léno.
Na počátku 16. století se stal hrad sídlem lapků. K definitivnímu opuštění hradu došlo po jeho dobytí a vypálení Sasy. Až do I. světové války byla hradní skála ohrožována těžbou kamene, která byla naštěstí včas zastavena.