
Roku 1384 věnovali bratři Petr a Jan z Rožmberka kapli sv. Pavla a šest cell, stojících v hlubokých lesích nad pravým břehem Vltavy, eremitům (poustevníkům). Koncem 15. století vznikla v sousedství druhá poustevnická komunita, která se se svolením papeže Inocence VIII. řídila pavlánskou řeholí. Pravděpodobně od roku 1495 žily obě skupiny ve společném objektu (klášteře), jehož součástí se stal i nově budovaný kostel, svěcený zřejmě roku 1523. Komunitu značně oslabil nástup luterství: poslední zpráva o její existenci pochází z roku 1556. Opuštěný kostel převzali do správy vyšebrodští cisterciáci, bývalý klášter sloužil jako fara. Kostel i klášter byly upravovány v 17. a 19. století (1883–86 byla zaklenuta kostelní loď).
Po roce 1945 klášter zabrala armáda, kostel zůstal bez využití. Přední Výtoň se stala součástí hraničního pásma, zůstala však – na rozdíl od mnoha dalších obcí s podobným osudem – obydlená zaměstnanci vojenských lesů a statků. Po napuštění lipenské přehrady se bývalý klášter ocitl těsně nad její hladinou. Po roce 1990 proběhly zajišťovací opravy kostela, bývalý klášter je dosud státním majetkem, nabízeným k pronájmu.