Klášter založen ve 13. století. Kostel v přechodném románsko-gotickém slohu vysvěcen 1297, kaple sv. Jana Evangelisty vysvěcena 1296. Renesanční klenba z let 1613–1616. Barokně upraven 1745–1746.
Klášter františkánů v Bratislavě je doložen již v době česko-uherských válek na konci 13. století. Původní budova prvního kláštera se nedochovala. Po porážce Přemysla Otakara II. roku 1278 na Moravském poli byl komplex kláštera rozšířen o kostel v přechodném románsko-gotickém slohu (dochovaly se fragmenty původního portálu) a vzácnou kapli sv. Jana Evangelisty – jednu z nejvýznamnějších raně gotických památek Slovenska, postavenou po vzoru Sainte Chapelle, pohřební kaple francouzských králů. Kaple byla vysvěcena v roce 1296, kostel o rok později, v březnu 1297, za přítomnosti uherského krále Ondřeje III. a ostřihomského arcibiskupa Lodomera. Kostel hrál poté roli v korunovačním obřadu uherských králů. V gotice zabíral komplex obytných a sakrálních staveb se zahradou větší část dnešního Františkánskeho náněstí. V letech 1580 a 1586 poškodila kostel i klášter zemětřesení, při kterých se zřítila původní gotická klenba lodě. Dnešní renesanční klenba byla postavena v letech 1613–1616. Kostel byl definitivně zastřešen až v roce 1637. V roce 1745–1746 upravil stavitel Lucca de Schramm fasádu kostela barokně. Nad portálem je Immaculata sochaře Jozefa Sartoryho. Před kostelem je kovaný neobarokní kříž uměleckého kováře Mahra. Vnitřní vybavení je převážně barokní, z 18. století. V kostele se nacházejí ostatky sv. Reparáta, diákona a mučeníka ze 4. století.
Milan Caha, 21.11. 2008