
Komplex kostela a kláštera se rozkládá mezi ulicemi Paulińska, Skałeczna a Augustiańska. Jeho hlavní součástí je kostel sv. Kateřiny Alexandrijské a sv. Markéty, postavený z cihel a kamene. Jde o trojlodní baziliku s opěrným systémem, typickým pro krakovskou gotiku, s výrazně protaženým kněžištěm, uzavřeným pětiboce. Vysoké kněžiště je členěno opěráky zakončenými kamennými fiálami; mezi nimi jsou hrotitá okna s kamennými kružbami. Jižní loď s předsíní se od cihelného zdiva ostatní stavby odlišuje bohatším kamenickým detailem, zejména pruty, fiálami a portály. Na výstavbě této části se podle památkového průzkumu podílela parléřovská huť. Klášterní budovy přiléhají ke kostelu ze severu a tvoří tři křídla s ambitem kolem rajského dvora; východní křídlo pokračuje až k linii původních městských hradeb. Součástí komplexu je také volně stojící zvonice jihovýchodně od kostela. Její spodní část je gotická, cihelná, čtvercového půdorysu, z počátku 15. století, zatímco dřevěná nástavba pochází z počátku 19. století. V ambitech se dochovala řada nástěnných maleb, kamenných soch a náhrobních desek především z 15. a 16. století. K významným součástem interiéru patří barokní hlavní oltář z let 1631–1636, manýristické mauzoleum Jordanů a cyklus obrazů ze 17. století zobrazující život a legendu sv. Augustina. Zvláštní postavení má obraz Panny Marie Utěšitelky z počátku 16. století. Na západě komplexu se nachází klášterní zahrada, která si udržela svoji užitkovou funkci.
století panovník založil kostel sv. Kateřiny Alexandrijské a sv. Markéty, který měli spravovat augustiniáni povolaní z Prahy roku 1342. Do roku 1378 bylo dokončeno presbyterium, kolem roku 1400 hlavní loď a na počátku 15. století jižní loď s předsíní. Na výstavbě se podílela wawelská stavební huť a v závěrečné fázi také parléřovská stavební huť. Přibližně roku 1400 vznikla také nedokončená kaple sv. Moniky, založená Ściborem ze Ściborzyc, významným velmožem ve službách uherského krále Zikmunda Lucemburského. Po zemětřesení roku 1443 bylo nově zaklenuto kněžiště hvězdovou klenbou. Souběžně s kostelem byl rozšiřován i klášter; v roce 1365 byla dokončena jeho nejstarší část s kaplí sv. Doroty a roku 1377 již existovaly křížové chodby. Severní část komplexu využila baštu v městských hradbách Kazimierze. Roku 1556 kostel poškodil požár. V 17. století byla upravena vyšší podlaží kláštera a roku 1631 byl rekonstruován kostel. Z této doby pochází také hlavní oltář z let 1631–1636. Zemětřesení roku 1786 poškodilo klenby. Po začlenění Krakova do habsburské monarchie převzaly rakouské úřady roku 1801 klášter i kostel a v letech 1801–1815 je užívaly je jako sklad. Do kostela byly vestavěny víceúrovňové konstrukce, na nichž se ukládalo obilí, seno a další zásoby. Toto využití vedlo k výraznému poškození interiéru a vybavení. Roku 1815 byl klášter vrácen augustiniánům. Po zrušení řádu v Polsku roku 1950 augustiniáni klášter opět opouští. Své působení v Krakově obnovili po roce 1989. Dnes je komplex opět sídlem augustiniánského kláštera a farnosti sv. Kateřiny..