
Areál dnešního Muzea Archeologického v Krakově se nachází mezi ulicemi Poselskou a Senackou a Plantami. Archeologické nálezy zde dokládají osídlení již v raném středověku; v 9.–13. století se zde nacházelo sídliště chráněné dřevozemním opevněním. Nejpozději na počátku 14. století bylo toto opevnění nahrazeno kamennými městskými hradbami. V prostoru pozdějšího kláštera se nacházely obytné a hospodářské objekty, mimo jiné dvůr náležející benediktinskému opatství v Týnci, dvůr šlechtického rodu Gniewoszů z Dalewic a městské lázně.
Na počátku 17. století přešel pozemek do držení řádu bosých karmelitánů. Postupně zde vznikl klášterní komplex s kostelem zasvěceným sv. Michaelu archandělovi a sv. Josefovi. Klášterní budovy byly uspořádány do několika křídel soustředěných kolem dvou nádvoří; většina z budov se rozkládala jižně a západně od kostela. Nejstarší části kláštera byly postaveny převážně z kamene spojovaného vápennou maltou, zatímco zdivo suterénů kombinuje kámen a cihlu. Z představitelů řádu spojených s dějinami konventu jsou doloženi zejména Maciej od św. Franciszka, který převzal roku 1610 jménem karmelitánů darovaný majetek, Marcin od św. Teresy (Marcin Kos), převor kláštera v letech 1622–1625, a Arnold od św. Jana od Krzyża (Marcinkowski), poslední převor konventu před jeho zrušením na sklonku 18. století. Roku 1797 byl na základě josefínských reforem konvent zrušen a 23. března 1798 byl převzat rakouskou správou.
Kostel po určitou dobu sloužil jako vězeňská kaple, v budovách konventu byly vězeňské prostory a soud. Na konci 19. století byl kostel zbořen a na jeho místě byla vystavěna nová soudní budova. Věznice sv. Michała byla místem vazby a výkonu trestu nejen pro běžné kriminální vězně, ale také pro osoby zadržované z politických důvodů. Byli zde vězněni účastníci krakovského povstání roku 1846, revolučních událostí roku 1848, lednového povstání 1863–1864, organizátoři a účastníci dělnických stávek a pokrokoví studenti. Byl zde mimo jiných vězněn významný spisovatel a dramatik Michał Bałucki (1837–1901); zde se setkal s účastníkem chochołowského povstání, horalem z Podhalí. To se stalo inspirací pro Bałuckého báseň Dla chleba, známou v souvislosti s písní „Góralu, czy ci nie żal“. Po německém obsazení Krakova v září 1939 převzala věznici německá okupační správa a využívala ji převážně jako vyšetřovací věznici. Od roku 1943 také sloužila jako místo poprav odsouzených. Po skončení německé okupace přešel objekt roku 1945 pod správu komunistického ministerstva vnitra (Ministerstva Bezpieczeństwa Publicznego). Vedle kriminálních vězňů, německých kolaborantů a osob spojených s nacistickou okupací zde byli vězněni také příslušníci nekomunistických odboje - Armii Krajowej a Narodowych Sił Zbrojnych a poválečných nezávislých organizací. V polovině roku 1946 tvořili političtí vězni přibližně 30 % osazenstva věznice. Nejvýznamnější událostí této etapy se stalo osvobození vězňů 18. srpna 1946. Akci připravili a provedli příslušníci 6. krakovské roty partyzánského uskupení „Błyskawica“, spojeného s oddíly Józefa Kurasia „Ognia“. Skupina zvenčí přijela k věznici nákladním automobilem a někteří její příslušníci pronikli dovnitř s použitím falešných dokladů. Současně byli někteří vězni uvnitř vyzbrojeni, o což se zasloužila zejména dozorkyně Irena Odrzywołek, která navázala spolupráci s podzemím a podílela se na předání zbraní vězňům. Z věznice uniklo celkem 71 vězňů, z nichž bylo devět záhy zadrženo. Operace proběhla bez jediného výstřelu. Irena Odrzywołek byla v listopadu 1946 zatčena a odsouzena k trestu smrti; rozsudek byl vykonán 17. prosince 1946, několik dní před jejími 21. narozeninami. Věznice byla zrušena v roce 1949..
Součástí muzejní prezentace je také interpretace samotné historie objektu. V podzemních prostorách je instalována expozice věnovaná dějinám místa od raného středověku až do poloviny 20. století. Prezentovány jsou zde mimo jiné relikty středověké městské hradby ze 14.–15. století, historické konstrukce a prostory související s vězeňskou funkcí včetně cely smrti a tzv. zdi smrti. Součástí institucionálního zázemí muzea je rovněž odborná knihovna a pracoviště zaměřená na archeologický výzkum, dokumentaci, konzervaci a správu sbírek. Areál je současně spojen s prezentací geologických sbírek a geologické problematiky, které představují jednu ze specializovaných oblastí činnosti krakovského archeologického muzea..