
Upravený pramen řeky Lužnice (německy Lainsitz) se nachází na rakouské straně Novohradských hor, na západním svahu hory Eichelberg (1054 m). Nejlepší přístup k prameni, který je dvojjazyčně označen, je z rakouské vsi Karlstift, z níž vede k prameni 2 km dlouhá cesta značená orientačními tabulemi. Stejně daleko je to po červené značce od rozcestníku na české hranici u vsi Pohoří na Šumavě (dříve německy Buchers).
Asi po 2 km vstupuje na české území poblíž vsi Pohoří na Šumavě, asi 5 km sleduje zpovzdálí hranici a pak se stočí zpět do Rakouska. Protéká historickým Vitorazskem s centrem ve městě Weitra (česky Vitoraz), u Gmündu tvoří krátce hranici a vrátí se na chvíli do Rakouska. U vsi Breitensee se vrátí natrvalo na české území a míří do široké Třeboňské pánve. Pak teče severozápadním směrem až k Táboru, kde se obrací na jihozápad k Bechyni a poblíž Týna nad Vltavou se zprava vlévá do Vltavy. Lužnice je oblíbenou řekou vodáků, oproti ostatním jihočeským řekám má velmi malý spád a teče pomalu. Větší spád má až v úseku od Tábora k Bechyni. Koryto řeky je v úseku od Veselí nad Lužnicí k soutoku s Vltavou chráněno jako přírodní památka Lužnice..