
Nejvýznamnější pohřbenou osobností je Mojžíš Isserles (Mosze ben Israel Isserles, cca 1525–1572), známý jako Remuh/Remu, krakovský vrchní rabín, talmudista a autor díla Ha-Mapah („Mapa“), který významně ovlivnil právní a náboženskou praxi aškenázských Židů. Jeho hrob se nachází v bezprostřední blízkosti synagogy, v odděleném prostoru s hroby členů rodiny. Hrob byl jako jeden z mála během války uchráněn před úplným zničením a stal se poutním místem židovských návštěvníků. V rodinném okrsku jsou doloženy také hroby jeho otce Israela Isserlese ben Josefa (zakladatele synagogy Remu), sestry Miriam, bratra Izáka, švagra Josefa Kacao, jeho ženy Szpryncy a jejich synů Gershona a Tanchuma. K významným pohřbeným patří dále Natan Neta Spira (1583–1633), kabalista a autor díla Megaleh Amukot; Izák Jakubowicz (zemř. 1653), obchodník a zakladatel krakovské synagogy Izák; rabín Izák Landau, Samuel bar Mešulam (zemř. 1552), lékař polských králů Zikmunda I. Starého a Zikmunda II. Augusta, který do Krakova přišel z Itálie v doprovodu dvora Bony Sforzy, ale také významné renesanční osobnosti spojené s rudolfinskou Prahou, např. Eli'ezer Aškenázi či Jom Tov Lipman Heller.
Nejstarší dochovaný náhrobek je datován r. 1552. V roce 1800 byl hřbitov rozhodnutím rakouských úřadů v rámci hygienických opatření uzavřen; jednotlivé pohřby zde však pokračovaly sporadicky až do poloviny 19. století, nejmladší evidovaný náhrobek pochází z roku 1850. V průběhu 19. a na počátku 20. století hřbitov postupně chátral. Během druhé světové války byl téměř úplně zničen; náhrobní kameny byly odváženy, rozbíjeny a používány jako stavební a dlažební materiál, prostor hřbitova byl využíván také jako skládka. Pouze přibližně tucet náhrobků přečkalo válku na původním místě. K zásadnímu obratu došlo v druhé polovině 50. let 20. století, kdy byl prostor uklizen a byly zahájeny archeologické a konzervační práce. Přesný počet osob pohřbených na hřbitově není znám. V rámci poválečné obnovy bylo rekonstruováno a osazeno 711 náhrobků z nichž značná část byla druhotně přemístěna a nereprezentuje původní místa pohřbů. Některé zdroje připouštějí, že část náhrobků mohla být již v minulosti záměrně ukryta pod zemí, například v souvislosti s válečnými událostmi 17. století. Náhrobky jsou zhotoveny převážně z pískovce a pińczowského vápence, v menší míře z dębnického mramoru. Soubor zahrnuje dva základní typy náhrobků: samostatně stojící svislé kamenné desky – macevy – a náhrobky tumbového či sarkofágového typu. Dochovány jsou také náhrobky připomínající ležící válec. Poškozené fragmenty, které nebylo možné znovu sestavit, byly druhotně osazeny do obvodové zdi podél ulice Szeroka, kde vytvořily zeď označovanou „Ścianę Płaczu“ („Zeď nářků“).