
V sousedství staršího kostela či kaple svatého Bartoloměje (poprvé připomínán 1480, zbořen 1839) byl 26. 7. 1586 vysvěcen nový kostel svaté Anny. Ten sloužil obyvatelům jižního předměstí Drážďan a přilehlých vsí. Zasvěcení bylo poctou patronce saské kurfiřtky Anny Dánské (1532–85), manželky kurfiřta Augusta.
Kostel byl barokně přestavěn roku 1712, později sem byl přenesen hlavní oltář ze zbořeného starého mariánského kostela (viz Frauenkirche). Dne 20. 7. 1760 ho smolnou střelou zapálili při jednom z obléhání Drážďan pruští polní myslivci. Trosky pak nahradila v letech 1764–69 klasicistní novostavba podle projektu Johanna Georga Schmidta (1707–74). Hlavní oltář sem byl přenesen tentokrát ze zničeného kostela sv. Kříže (viz heslo).
Roku 1823 byl severovýchodní risalit osazen věžovou nástavbou podle projektu Gottloba Friedricha Thormyera (1757–1842). Při opravě v letech 1906–09 pokryla jihovýchodní fasádu secesní výzdoba od architekta Richarda Schleinitze (1861–1916).
Kostel svaté Anny zasáhlo bombardování Drážďan 13. 2. 1945. Na rozdíl od většiny ostatních objektů v centru města nevyhořel, takže základní obnova mohla být rychlejší: již o prvním adventu roku 1950 byl znovu zasvěcen. Práce na rekonstrukci však uzavřelo až osazení helmice na věži roku 1997, spojené s obnovou pláště celé stavby.