
První zmínka o hradu pochází z roku 1325. Zřejmě ještě velmi jednoduché sídlo leželo tehdy na území spišské župy uherského království a jmenovalo se Dunajec. Jeho vlastníky tehdy byli bratři Rykolf a Koksz z rodu Berzewiců. Již následujícího roku však byl hrad králem Karlem Robertem zkonfiskován a předán palatinu Vilému Drugethovi. Zmínka o „novém hradu Dunajec“ v jeho závěti z roku 1330 naznačuje, že právě on mohl být stavebníkem kamenného hradu. Po Vilémovi dědil jeho bratr Mikuláš, ale již roku 1342 se hrad nakrátko vrací do královských rukou. O pět let později je panství znovu (tentokrát na více než století) v držení rodu Berzewiců, tentokrát jeho lomnické větve.
Roku 1412 zde uherský podkomoří Petr Schwarz z Lomnice přijal od vyslanců polského krále vysokou částku 37000 kop pražských grošů výměnou za zástavu 13 spišských měst. Od roku 1425 je majitelem hradu Petrův syn Jan Schwarz. Ve 20. letech 15. století oblastí dvakrát prošla husitská vojska, hradu se však širokým obloukem vyhnula. Jan Schwarz roku 1463 zastavil hrad Imrichu Zápolskému, po Janově bezdětné smrti r. 1470 jej Zápolští získali natrvalo. Odlehlý hrad zřejmě nebyl významnému rodu příliš k užitku, tím spíše, když se v osobě Jana Zápolského povznesl až na uherský trůn. Již roku 1507 Hedvika Zápolská zastavila Niedzicu chorvatskému rodu Horvatů, roku 1528 daroval Jan Zápolský část Spíše i s hradem sieradszskému vévodovi Hieronymovi Łaskiemu erbu Korab.
Roku 1533 se hradu na krátko zmocnili loupeživí rytíři Jiří Witzhum a Jiří Kauffang, o tři roky později byl zase obléhán bývalým velitelem hradní posádky a Zápolského straníkem Minkwitzem. Toho předtím Łaski, který se dostal s uherským králem do sporů z Niedzice vyhnal. Minkwitzovi se Niedzicu nakonec podařilo dobýt, nový Łaskeho hejtman Bobola však rozprášil posily, které Minkwitzovi vypravila města Košice, Levoča, Bardějov a Prešov. Samotný Minwitz byl zajat a nakrátko uvězněn v hradních kobkách.
Roku 1538 byl hrad opět zastaven Janovi Horvathovi a roku 1589 jej Jiří Horvath z Palocsy natrvalo za 20000 rýnských zlatých zakoupil do trvalého vlastnictví. Právě Horvathové hrad před rokem 1601 výrazně renesančně přestavěli do podoby velmi blízké té dnešní.
Roku 1670 silně zadlužení Horvathové Niedzicu zastavili Silvestru Giovanellimu (Joanellimu). Roku 1683 musel baron Giovanelli bránit Niedziczu před uherskými povstalci Imricha Thökollyho. Hrad byl povstalci dobyt a vyloupen, baron Giovanelli si vykoupil volnou cestu do Krakova. O rok později císařská vojska hrad dobyly a zástavní majitel se mohl vrátit zpět na své sídlo.
V polovině 18. století přesídlili Giovanelliové na zámek v Lapszach, po smrti Jana Giovanelliho roku 1776 zástava vypršela a Niedzica připadla zpět Horvathům. Ani oni v zanedbaném zámku nesídlili, přednost dali své rodové rezidenci v Palocsi. Po roce 1797 na hradě krátce žili jeho zřejmě nejpozoruhodnější obyvatelé - Sebastian Berzevicz, jeho dcera Umina a vnuk Antonio. Matka Uminy byla údajně z vysokého peruánského indiánského rodu a její manžel Tupac Amaru II bratrancem posledního krále Inků Tupace Amaru I. Po porážce povstání Inků uprchli do Itálie, kde byl Tupac Amaru II zavražděn, na Niedzicu se tedy uchýlili pouze Sebastian, Umina a její syn jednoroční syn a vlastně poslední král Inků Antonio Tupac Amaru. Od těch dob se tradují pověsti o pokladu Inků ukdytém kdesi v Polsku.
Když roku 1817 vyhořel zámek v Paloczi, rozhodl se Andrej Horvath opravit Niedzicu. Opravy proběhly v letech 1821-23, horní hrad však byl ponechán jako malebná ruina. Po Andrejově smrti roku 1828 zdědil hrad jeho bratr Ferdinand a po něm jejich sestra Kornelie a její synové se Salamonem Alapim.
Salamonové byli až do roku 1945 posledními majiteli Niedzice. V polovině 19. století hrad vyhořel, Salomonové jej opravili a nadále na něm sídlili. Teprve roku 1920 při územních změnách po světové válce přestala být Niedzica s okolními vesnicemi uherským územím a přešla pod svrchovanost polského státu. Salomonové tehdy hrad využívali již jen jako letní sídlo. Během druhé světové války Salomonové podporovali polský odboj, přesto byla roku 1945 v rámci pozemkové reformy Niedzica zestátněna.
Roku 1949 přešel zámek pod správu ministerstva kultury, které zahájilo dlouhodobé konzervační práce spojené se s architektonickým a archeologickým výzkumem. Ty pokračovaly s přestávkami až do počátku 90. let 20. století.
Stavební vývoj lze díky výsledkům dlouholetého důkladného archeologického a stavebně-historického výzkumu rozdělit do šesti výraznějších stavebních fází. Nejstarší sídlo Berzewiczů datované přibližně do přelomu 13. a 14. století bylo velmi jednoduché, tvořila jej pouze dřevěná obytná budova a rozměrná ve skále vysekaná cisterna na samém vrcholu ostrohu. Ten byl na západě od zbytku ostrohu oddělen mohutným obloukovitým valem a příkopem. Kamenné sídlo druhé fáze je připisováno Vilému Drugethovi do let 1328-42. Obvodová hradba vymezovala dnešní horní hrad o tvaru přibližného trojúhelníku se zaoblenými nárožími o osách cca 20 a 30 m a ploše asi 500 m2. Hradba o výšce asi 5 metrů a nestejné tloušťce (nejsilnější v západním čele) byla vybavena cimbuřím a dřevěným ochozem, od jihou do ní byla proražena kulisová vstupní brána. Na západě byl k čelní hradbě přistavěn trojpodlažní palác, jehož spodní dvě úrovně byly příčkami rozděleny na tři přibližně stejně velké prostory. Ve východním koutě nádvoří nadále zůstávala cisterna. Třetí stavební fázi zařazují výzkumy do poměrně širokého období let 1347-1463/70. Především byla při severní straně nádvoří vyhloubena 40 m hluboká studna, díky čemuž bylo možné zrušit cisternu. Podél nyní volné jižní strany bylo postaveno obytné dvoupodlažní křídlo a arkádovou chodbou obrácenou do nádvoří zakončené na východě kaplí s křížovou žebrovou klenbou. Před bránu do horního hradu bylo předsazeno malé předbrání zakončené polookrouhlou baštou. Archaické valové opevnění na západě bylo nahrazeno novým hradebním okruhem s čtverhrannou vstupní bránou vymezujícím tak nové předhradí (dnes zvané střední hrad) zdvojnásobující hradbami obehnanou plochu. I plocha dále k západu byla jistě využita pro hospodářské zázemí hradu a zřejmě chráněna nějakým lehčím ohrazením. Ve čtvrté fázi za vlády Zápolských (1470-1529) se stavělo především na středním a dolním hradě. Střední hrad byl příčnou hradbou s kulisovou bránou rozdělen na dvě poloviny. Severozápadní úsek hradby byl stržen a nově postaven o cca 10 dále k západu. Nová hradba nesměřovala k jihovýchodu k zachované části středního hradu ale cca 40 m rovným úsekem k jihozápadu, kde opsala ostrý oblouk a pokračovala zpět k východu, kde se napojila na hradbu středního hradu. Vstup byl přenesen ze zbořené čtverhranné brány do nové postavené před jižní hradbou dolního hradu. Před ní bylo ještě přesazeno lichoběžné předbrání s okrouhlou baštou v nároží. Další okrouhlá bašta zesílila na severu styk hradeb dolního a horního hradu. V dolním hradě byly postaveny rozličné stavby hospodářského i vojenského účelu, nejvýraznější z nich byla rozměrná (cca 10x20 m) trojprostorová stavba přistavěná k hradbě v jihozápadním koutě. U severní stěny této stavby byla také vyhloubená nová studna. Nejvýraznější změnou v horním hradě byla trojpodlažní hranolová věž postavená nad severní částí starého paláce, která bývá někdy nesprávně považována za původní donjon hradu a dodnes se výrazně uplatňuje v jeho siluetě. Pátou fázi představuje především výrazná přestavba Jiřího Horvatha, z přelomu 16. a 17. století. Důraz byl kladen především na další zlepšení obranyschopnosti sídla. Dolní hrad byl zesílen třemi nepravidelnými přibližně podkovovitými baštami – dvě z nich zesilovaly západní čelo, třetí nahradila jižní vstupní bránu. Ta byla zrušena, a v baště byla později zřízena kaple sv. Ondřeje. Vstup byl přenesen do nové severozápadní bašty zesilující západní čelo, cesta do hradu tudy vede dodnes. Nápisová deska s erbem Horvathů nad zdobným renesančním vstupním portálem dokládá dokončení přestavby k roku 1601. Staré stáje v prostoru při západní hradbě mezi novým vstupem a obdélnou budovou ze 4. fáze nahradilo nové dvoupodlažní obytné křídlo s krytou arkádou. V jeho suterénu zůstala zachována i studna dolního hradu. Do obytného provozu byla zapojena i horní patra nárožních bašt. Další dvouprostorová budova byla vložena i do jižní části středního hradu. Podél jižní hradby dolního hradu byl přistavěn ochoz vynesený na kamenných arkádách. Dolní hrad byl výškově sjednocen, obvodové zdi byly zakončeny typickými renesančními atikami a vyzdobeny sgrafity. Poslední stavební fáze je datována do 18. a 19. století. Při ní byla zastavěna i doposud volná severní strana dolního hradu. Dlouhé nepravidelně obdélné křídlo pojalo i doposud volný interiér severozápadní bašty a pro vstup ponechalo pouze klenutý průjezd. Nově vyřešen byl vstup do středního hradu, stávající zřejmě dřevěná rampa byla nahrazena terasou s dvou ramenným schodištěm. Přestavba v letech 1821-23 se týkala především interiérů..