
V severovýchodní frontě dnešní košické Hlavní ulice stával od vysazení města královský dům. Od poloviny 16. století sloužil převážně hospodářským účelům, sídlila zde i mincovna. Na přelomu 16. a 17. století ho komora věnovala jesuitům, kteří měli tehdy téměř výlučně protestantské město přivést zpět ke katolicismu. V září 1619 byli tři zdejší misionáři povražděni bethlenovskými povstalci, po potlačení povstání byli uctíváni jako mučedníci.
Jesuité v Košicích zřídili z nadace jágerského biskupa Benedikta Kisdyho roku 1657 universitu se třemi fakultami. K někdejšímu královskému domu přistavěli mohutný raně barokní kostel Nejsvětější Trojice (1671–81) a spojili ho se sousedními objekty. Po zrušení řádu (1773) převzali ústav jasovští premonstráti. Postupně se stal součástí budínské university, definitivně zanikl roku 1921.
Kolejní budova prošla v 17.–19. století řadou přestaveb a rozšířením o dvorní křídla.
Kostel je první stavbou se známkami baroka v Košicích, exteriér se s výjimkou jednoduchých věžních helmic dochoval s minimálními změnami. V interieru zaujme obnovená iluzivní výmalba, zahrnující všechny oltáře.
Jednalo se o jesuity Melichara Grdzieckého (*1584 v Těšíně), Štefana (Istvána) Pongrácze (* asi 1583 v Alvinci v Sedmihradsku) a ostřihomského kanovníka Marka Križina (*1589, Križevac v Chorvatsku)..