
První zmínku o Muszynie nalezneme v listině z roku 1288, podle níž ves získal krakovský biskup Pavel. Součástí nového biskupského statku bylo i zdejší opevněné sídlo, které však nestálo v místě dnešní zříceniny ale na vyšším z obou vrcholů ostrohu. Hrad Muszyna se opět připomíná v listině z roku 1352 jako královský majetek. Snad byl zkonfiskován biskupu Janu Muskatovi králem Vladislavem Lokýtkem, který s ním byl v dlouholetých sporech. Do vlastnictví krakovských biskupů Muszynu vrátil až král Vladislav Jagellonský roku 1391. Roku 1474 bylo uhersko-polské pomezí zpustošeno nájezdem uherských vojsk pod velením Tomáše Tarczaye. Po krátkém obležení byl dobyt a poškozen i hrad Muszyna. Po uzavření mírové smlouvy uherská posádka odešla a uherský král Matyáš Korvín se zavázal hrad vrátit a finančně se podílet na jeho opravách. Podle některých badatelů se teprve tehdy sídlo změnilo z dřevohlinité stavby na kamennou, existence dřevohlinitého sídla v rukách mocných biskupů či přímo panovníka v exponované poloze na zemské hranici po dobu dvou století je však značně nepravděpodobná.
Hrad byl opraven, díky stísněnému staveništi se však nemohl dále rozvíjet, přesto plnil nadále svou funkci správního centra panství a pohraniční strážní pevnosti spravované purkrabími a to poměrně dlouho – ještě v 16. století byl opraven a rezidenční funkci plnil až do poloviny 17. století, kdy purkrabí Wojciech Bedleński přesídlil do budovy při dvoře na úpatí hradního vrchu. Hrad samotný byl však opuštěn až na počátku 18. století, poté rychle chátral a brzo se proměnil ve zříceninu.
Do centra pozornosti se zříceniny hradu dostaly znovu v 19. století. Výzkumy Bohdana Moravského před rokem 1863 umožnily z tehdy mnohem lépe dochovaného zdiva zrekonstruovat půdorys hradu. Další výzkumy pak probíhaly v letech 1963, 1973-4, 1991 a 1996.
Za věží bylo nádvoří s vodním zdrojem uzavřené na východě obdélným patrovým palácem v přízemí dvouprostorovým. Na západě nádvoří uzavírala konvexně vedená obvodová hradba, v těchto místech není vyloučena existence druhé věže, obytného donjonu. Nevelká plošina jižně od nádvoří mohla skrývat hospodářské zázemí hradu. Tyto poměrně skoupé informace snad budou v budoucnu obohaceny o další poznatky provedených archeologických výzkumů, jejichž výsledky zatím nebyly v odborném tisku publikovány.