
Vilnius je hlavní město Litvy. Leží v západní části země, 40 km východně od hranic s Běloruskem a asi 315 km od Klajpedy, největšího litevského přístavu u Baltského moře. Ortodoxní kostel sv. Mikuláše najdeme asi 1 km jižně od Gediminova hradu, nebo u severního konce radničního náměstí, na ulici Didžioji gatvė.
V roce 1350 však byl na stejném místě postaven nový cihlový kostel. V roce 1514 byl tento kostel nahrazen větším. Ten zůstal ortodoxní až do roku 1609, kdy, stejně jako většina ortodoxních kostelů ve Vilniusu, byl dán uniatům na osobní objednávku krále Zikmunda III. Vasy. Kolem roku 1740 byl kostel zcela zničen požárem a přestavěn v barokním stylu. V roce 1839 ruská místní vláda uzavřela uniatskou farnost a budovu vrátila pravoslavné církvi. Po roce 1843 byl kostel zcela přestavěn v neo-byzantském stylu. Obnovený kostel měl být dalším znakem ruské nadvlády ve městě a stal se pátým pravoslavným kostelem na Starém městě ve Vilniusu. V roce 1866 byl celý kostel znovu vysvěcen. Role generálního guvernéra při rekonstrukci kostela je popsána na mramorové desce na západní stěně kostela. Po druhé světové válce byl kostel uzavřen, ale v roce 1947 stalinistická vláda souhlasila s jeho znovuotevřením jako farního kostela. Generální rekonstrukce budovy proběhla před rokem 1956..