
Rakouská Dyje (německy Deutsche Thaya) pramení v rovinaté, řídce zalesněné krajině jihozápadně od obce Schweiggers v Dolním Rakousku. Její pramen je od obce vzdálen asi 2 km a je snadno dostupný i pro motoristy. Z parkoviště na Schwarzenbacher Strasse k němu vede asi 0,5 km dlouhá značená cesta.
Tok Rakouské Dyje měří 76 km. Dále spojený tok pokračuje pod názvem Dyje (Thaya) a zakrátko za Drosendorfem vstupuje na české území u Podhradí nad Dyjí (dříve Frejštejn). Pak už teče výhradně územím jižní Moravy, přičemž na třech místech tvoří přímo hraniční čáru. Po vstupu na území Moravy záhy protéká 30 km dlouhým přehradním jezerem Vranovské nádrže z let 1930-1933. Krátce poté vytváří hranici v hlubokém kaňonu, nad jehož levým břehem byl vyhlášen Národní park Podyjí. Na protějším břehu na něj navazuje Nationalpark Thayatal v Rakousku. Pak se tok obrací na moravské území, kde je na něm vybudována nevelká vodní nádrž Znojmo, dokončená roku 1966. Obtéká ze severu Pálavu, kde je na Dyji vybudována soustava tří Novomlýnských nádrží. Protéká Lednicko-valtickým areálem a za Břeclaví opět tvoří česko-rakouskou hranici až k soutoku s Moravou. Délka spojeného toku Dyje činí 235 km..