
Hrad má přibližně 300 m na délku a maximálně 70 m na šířku. Zaujímá vysoké vápencové bradlo se svislými stěnami na jižní straně. Nejvyšší místo hradu, citadela San Jordi, je v nadmořské výšce 796 m. Střední a dolní hrad se pak nacházejí o několik desítek metrů níž na východ.
Nejstarší částí hradu je stará citadela v jeho východní části. Jedinou stavbou, která prokazatelně pamatuje katary, je jednolodní kostel Panny Marie z 12. století. Je téměř 20 m dlouhý a na východní straně je zakončen půlkruhovým chórem s románskými okny. Celý kostel byl zaklenutý valenou klenbou, ta se však zachovala pouze v chóru.
Starý palác na skále nad kostelem také údajně pamatuje katary, byl však Francouzi hodně přestavěný. O tom svědčí jimi použitý druh zdění z kamenných kvádrů. Francouzi spojili původně volně stojící kostel s palácem dvěma hradbami, jednou na západní a druhou na východní straně, a tím vytvořili dnešní jádro hradu. První patro kostela nad původní klenbou a opěrné pilíře na jeho severní straně jsou také jejich prací, poněvadž toto zdivo je opět z kamenných kvádrů.
Původní vstupní portál v západní zdi kostela byl zazděn, a jediný přístup do jádra hradu od té doby poskytují dvě dobře zachovalé brány pro pěší v západní a východní hradbě.
Na sever a na východ od jádra hradu se rozkládá dolní hrad. Ten je na severní straně uzavřen přímou hradbou se dvěma půlkruhovými, dovnitř otevřenými baštami. Východní ostrý cíp pak uzavírá východní bašta s ostrým břitem. První brána do hradu v severní hradbě dolního hradu sloužila pouze pro pěší, a do hradu se tak jinak než pěšky dostat nedalo. Před branou jsou dosud patrné pozůstatky předbraní. Za bránou pak na příchozího čekal uzavřený dvorek se střílnami, kde mohl být snadno izolován a zneškodněn.
Střední hrad je dnes víceméně volné prostranství, vymezené hradbou v severním svahu. Přibližně uprostřed volného prostoru této části hradu stojí zříceniny nepravidelně mnohoúhelné stavby s přírodním závrtem v jejím interiéru.
Citadela San Jordi je přístupná po schodech v severním svahu. Její poloha je extrémní ze všech světových stran. Na severu je vymezena hradbou s jednou půlkruhovou baštou. K této hradbě byly přistavěny obytné budovy. Na jihovýchodě je celek zakončen kaplí San Jordi. Jedná se o přibližně 13 m dlouhou obdélnou stavbu s málo zachovalým půlkruhovým chórem na východním okraji skály.
Parkoviště, pokladna a obchod se suvenýry se nachází asi 400 m chůze od první brány hradu. Další služby pak poskytuje vesnice Duihac-sous-Peyrepertuse hluboko v údolí pod hradem.
Nejvíce přívrženců si našlo v prosperujících krajích Flander, v Porýní (kolem r. 1140), v Lombardii a Okcitánii. V poslední třetině 12. století se rozšířilo v hrabství Toulouse. Přívrženci se dělili na posluchače, věřící a vyvolené a platila pro ně velmi přísná pravidla asketického života ve snaze stát se "dokonalým" – tj. dosáhnout nejvyššího stupně v katarské hierarchii. Ve snaze o dokonalost nesměli přívrženci jíst cokoliv živočišného původu (tzn. vzešlého ze sexuálního spojení) s výjimkou ryb, museli se zcela vzdát sexuálního života a pravidelně se postit. Proti katarskému hnutí vydal třetí lateránský koncil r. 1179 usnesení a r. 1208 rozhodl papež Inocenc III. o křížové výpravě proti albigenským na jihu Francie, tato křížová výprava byla vyhlášena v l. 1208–1229. V tažení proti katarům byla zpustošena celá města a bez rozlišování bylo zabito i mnoho katolíků. Válka doznívala ještě r. 1244, kdy byl dobyt hrad Montségur a Quéribus na jihu Francie..
Patří do skupiny tzv. "Katarských hradů". Jedná se o hrady spojené s dramatickým odbojem katarů, náboženské sekty, proti níž byla roku 1209 vyslána křížová výprava. Peyrepertuse se stal, spolu s ostatními hrady této skupiny, symbolem jejich zoufalého a marného boje o přežití. I přesto, že kataři svůj boj prohráli, jejich památka dosud zahaluje celý kraj do temné roušky tajemna. Toto tajemno dnes podněcuje představivost lidí do takové míry, že se zde soustředí mnohé okultní skupiny, jako třeba hledači ztraceného Grálu a dalších pokladů, ufonisté a také pohané s praktikami zvířecích obětí v lesích. Jeden rychle pochopí, že zříceniny těchto hradů vysoko v horách dnes znamenají mnohem více, než jen romantické ‘hromady kamení’ a že ‘tajemno’ zde stále vládne. Hrad samotný je poprvé zmiňován roku 1070, kdy patřil pánům z rodu Besalu. Ti jej roku 1107 svěřili Ramonu Berenguer z Barcelony. O něco později, roku 1140, páni z Barcelony složili přísahu věrnosti rodu Besalu, čímž jim bylo držení hradu potvrzeno. Jako majetek pánů z Barcelony hrad přináležel Aragonskému království. Tento fakt ušetřil hrad prvního náporu útoků křížové výpravy v letech 1209–1213. Mnozí kataři utíkali přes hranice za bezpečím v Aragonském království, a úkryt našli i na hradě Peyrepertuse. Toto bezpečí však zaniklo roku 1213 po prohrané bitvě u Muret. Velitel křižáckého vojska a nový pán v Carcassonnu Simon Montfort pak bez boje obsadil Peyrepertuse v roce 1217. Majitel hradu, pan Guillaume, se Simonu podřídil a hrad si tak udržel. Guillaume však dlouho v poslušnosti nevydržel, křižácké nadvládě vzdoroval a byl za to roku 1224 exkomunikován. Až do roku 1240 byla křižácká kontrola nad hradem čistě teoretická a hrad nadále sloužil katarům jako útočiště. Roku 1240 byl hrad obsazen Jeanem z Beaumontu ve jménu francouzského krále. Tím katarské období hradu definitivně skončilo. Guillaume dostal panství Cucugnan coby odškodné za ztrátu panství Peyrepertuse a hrad Peyrepertuse se tak stal majetkem francouzské koruny. Důležitost hradu na nové francouzsko-aragonské hranici byla veliká. To se promítlo v okamžitém rozšíření hradu. Do příchodu Francouzů se hrad skládal pouze ze staré citadely a dolního hradu, dnešní východní části hradu. Francouzi starý hrad rozsáhle zrekonstruovali a dvojnásobně rozšířili k západu podél skalního bradla. Zcela nově postavili dnešní střední hrad a úplně na závěr citadelu San Jordi v letech 1250–1251. Během těchto prací zanikl skalní útvar Petra Pertusa (Propíchnutý kámen), který dal hradu jméno. Hrad byl opraven a vyzbrojen v roce 1355 a pak znovu v letech 1367–68, kdy se sem s povolením krále Karla V. Francouzského uchýlil Henri de Transtamare. Jean Graves, pan v Serignanu, se hradu zmocnil v roce 1542, byl však později dopaden a popraven. V roce 1580 se pak hradu zmocnili hugenoti. Osudovou ranou byla pro hrad Pyrenejská smlouva, podepsaná roku 1659. Ta posunula francouzskou hranici dále na jih. Hrad tím pozbyl na významu, byl pak obsazen již jen domobranou vesničanů, tzv “Mortes payes”. Ti byli výměnou za obranu hradu osvobozeni od daní. Po francouzské revoluci byl hrad, podobně jako většina francouzských hradů, prodán roku 1820 státu. V nedávné době bylo hradní zdivo zakonzervováno..