Tvrz vznikla pravděpodobně před rokem 1362, kdy Vlhlavy patřily jednomu z vladyků z Němčic, Abšíkovi (Absolonovi), který je získal při dělení němčického zboží mezi třemi bratry (1320). Nejspíše on zde založil drobné šlechtické sídlo. V letech 1362 - 1369 se zde připomíná jeho syn Mikuláš z Vlhlav a jeho bratr Oneš.
Na podzim roku 1420 za Jana Hrůzy z Vlhlav byla tvrz dobyta a vypálena husity. Brzy však byla obnovena, neboť i nadále plnila rezidenční funkci. V době své nejlepší slávy v 16. století, kdy byla v majetku Kořenských z Terešova a po nich Malovců z Malovic a na Dřítni (od roku 1548) poplužní dvůr, pivovar a rybniční hospodářství spolu s nimi prosperovaly natolik, že patřily k nejvyhledávanějším zdrojům pro kupce z celého hlubockého panství. Jan z Malovic zde dokonce sídlil, protože zdejší tvrz byla pravděpodobně výstavnější a pohodlnější než tvrz v Dřítni. Jeho syn Bohuslav někdy mezi léty 1562-1567 přesídlil opět do Dřítně a zdejší sídlo začalo být zanedbáváno. Jeho syn Jan se ale stále psal na Dřítni a Vlhlavech, zřejmě ale spíše sídlil častěji v Dřítni. Podle urbáře z roku 1617 byla vlhlavská tvrz "stará spuštěná a sešlá". Za stavovského povstání o majetek Jan Malovec přišel. Poslední zmínka o tvrzi pochází z roku 1628 ve smlouvě o dědičném prodeji hlubockého panství Baltasarovi de Marradas. Podle některé literatury stávala až do roku 1677. Poté byla prodána místním usedlíkům, kteří kámen z tvrze použili na stavbu hospodářských budov. Asi v 1. polovině 18. století (před rokem 1760) byla na hradišti bývalé tvrze postavena dvě obytná stavení - čp. 6 v západní části a čp. 28 v části východní. Postupně byly rozebrány poslední zbytky kamenných zdí a definitivní konec znamenaly úpravy v 60. a 70. létech 20. století.Text: historie
25.3. 2024 - Encyklopedie českých tvrzí, III.díl, kolekt.aut., nakl.Argo 2005 ; Hrady, zámky a tvrze Českobudějovicka ,D.Kovář, Historicko-vlastivědný spolek, České Budějovice 2011;Jaroslav Špiroch.