Kostel v Jeníkovicích je prvně zmiňován roku 1385, kdy je uváděn v soupise církevního majetku jako filiální kostel ke kostelu a faře třebechovické. Roku 1542 se uvádí, že byl zasvěcen sv. Mikuláši. Sv. Petru a Pavlovi byl zasvěcen asi až nový zděný kostel, který byl v l. 1741–1745 vystavěn namísto původního. Kostel dal postavit Rudolf Josef hrabě Colloredo. Pro válku s Pruskem byl kostel definitivně dokončen teprve r. 1747. Kolem kostela se rozkládal hřbitov (zrušen), původně obehnaný opukovou zdí (později rozebrána).

V roce 1901 se zbortila klenba lodi, stát zůstala pouze věž. Kostel byl následně pseudorenesančně obnoven (V. Reichl z Hradce Králové), základní kámen nové lodi kostela byl položen 5. 5. 1901. Dne 6. 10. 1901 byl nový kostel slavnostně vysvěcen biskupem královéhradeckým Eduardem Brynychem.
Pod kazatelnou je pamětní nápis. Při budování byla v základě oltáře nalezena skleněná miska, na okraji ozdobená dvojím páskem ze stříbrného stočeného drátu, s ostatky světce obtočenými podobným drátem.
Ve věži kostela býval zvon z r. 1535, který byl za 1. světové války zrekvírován, stejně jako píšťaly z varhan. Druhý zvon z r. 1528 byl Němci zrekvírován za 2. světové války, po válce byl nalezen na ostrově Maniny v Praze a roku 1946 se šťastně vrátil zpět do Jeníkovic a byl vrácen na věž.
Kostel byl opravován v letech 1974–75 a roku 1994. Roku 2001 opraveny věžní hodiny.
Před kostelem stojí památné stromy – lípa roboty, která byla vysazena na památku osvobození od panských robot r. 1849, a lípa svobody, která byla vysazena r. 1918.
Kostel patří pod farnost v Třebechovicích pod Orebem.

Text: historie
24.3. 2013 - Zbyšek Suchý podle jenikovice.webpark.cz/pamatky/kostel.htm (doplněno redakcí dle http://www.mistopisy.cz, Umělecké památky Čech 1., E. Poche a kol., 1977)