V kostele probíhá výzkum, zda se zde nalézá hrob a pozůstatky sv.Anežky České. 9.2.2010 bylo Kardinálem Vlkem a dalšími institucemi povoleno další bádání. Na výzkum má dohlížet prof. Jan Royt a speciální komise. Výzkum již odhalil neznámou náhrobní desku, kde se předpokládá zaplněná schránka. Možnost nálezu ostatků světice tak není vyloučena.
