V roce 1350 ohlásil nový markrabě moravský, bratr císaře Karla IV., Jan Jindřich úmysl založit u sv. Tomáše nový klášter augustiniánů, který písemně povolil papež Inocenc VI. o 6 let později. Klášterní kostel byl již při svém založení chápán jako budoucí pohřební místo moravských Lucemburků. Měl být první velkou cihlovou stavbou v obvodu vnitřního města. Z cihel však byla vystavěna pouze chórová část a věže. Dále stavba pokračovala z lomového kamene. Výsledkem byla trojlodní basilika s nízkými věžemi. Dokončení kostela je kladeno do roku 1370. Stavba samotného klášterního areálu se pak protáhla až do období husistkých válek. Tehdy (1428) neopevněný klášter před vlastními hradbami města velmi utrpěl při obléhání Brna sirotčími vojsky. V roce 1486 byl klášter hradbami přičleněn k městu Brnu a stal se jakousi samostatnou pevností přístupnou z města jednak od kostela sv. Jakuba, jednak Běhounskou branou, která měla vlastní předpolí v jihovýchodní části areálu kláštera. V roce 1500 klášter vyhořel. Před bitvou na Bílé hoře byl "klášterní ostrov" velmi silně opevněn.

V té době také došlo ke snesení klenby kostela pro její velmi špatný stav. Z kostela po snesení poškozených částí zbylo pouze presbyterium a obě věže. V roce 1661 byl položen základní kámen nového kostela dle projektu J. K. Erny. Ten byl dokončen v roce 1675. Erna se podílel i na přestavě samotného kláštera. Jižní věž byla v letech 1701–03 zvýšena J. M. Maternem. Podobu kláštera výrazně změnila v letech 1732–50 stavba nového barokního konventu s prelaturou za převora M. Pertschera. Této novostavbě musely ustoupit staré i novější části kláštera. Při výstavbě a úpravě nového bastionového opevnění města byl klášterní komplex nově rozšířen a přestavěn a zmizel příkop oddělující opevněný klášter od samotného města. Dělo se tak dle plánů M. Grimma.

Text: historie
9.6. 2008 - Jan P. Štěpánek

Zdroje
podle K. Kuča: Města a městečka v Čechách, na Moravě a ve Slezsku, Libri, Praha 1998