Původně raně gotický kostel byl vybudován koncem 13. století. Poprvé je připomínán roku 1334, roku 1352 jako farní. Patrně po husitských válkách fara zanikla a kostel se stal filiálním k Soběnovu. Kolem roku 1490 proběhla pozdně gotická přestavba, při níž byl v severním zdivu presbytáře prolomen sedlový portál s okosením a postavena sakristie; v západním průčelí byl otevřen vstupní lomený portál se dvěma okénky na bocích s kamenným ostěním. Ve stejné době byla vystavěna ohradní hřbitovní zeď s půlkruhovou bránou na západní straně a lomenou brankou v severovýchodní části zdi. Kostel musel mít v té době pravděpodobně dřevěnou zvonici, neboť jeden ze zvonů nese letopočet 1485. V období let 1550-1600 byla vystavěna předsíň.
V barokním období - v poslední čtvrtině 17. či na počátku 18. století - proběhla výrazná barokní přestavba. Původní dřevěný povalový strop byl nahrazen novým zastropením - valenou klenbou s výsečemi u okenních otvorů; zastropení spočívá na dodatečně přizděných půlpilířích. Na východní straně byla přistavěna hranolová věž a provedena demolice severní sakristie; nová byla umístěna v podvěží. Byly probourány nové okenní otvory v lodi, vestavěna kruchta, vyzděny dva diagonální oltáře a vítězný oblouk, dále nový krov se zastřešením a kostel byl vybaven novým barokním mobiliářem. Do stávající kamenné ohradní zdi hřbitova byla vestavěna na jižní straně márnice-kostnice. Od roku 1786 je opět jako filiální spravován z Benešova nad Černou. Po požáru v roce 1873 byl po požáru vybudován nový krov s vyšším sklonem, zastřešený šindelem. Jedny z posledních písemně zmiňovaných stavebních úprav se uskutečnily v roce 1902 za faráře Johanna Suchana. V období socialistické péče byl kostel nevyužívaný a značně zchátral. Započetí oprav na kostele inicioval první Spolek na záchranu kostela v roce 1994. Došlo ke statickému zajištění barokní klenby lodi kostela a novému zastřešení šindelovou krytinou. V roce 1998 byla nově zastřešena i věž bání s plechovou měděnou krytinou. Církev tehdy chtěla převést kostel bezúplatně do vlastnictví obce, ta o něj ale neměla zájem. V roce 2013 byla uzavřena mezi farností Benešov nad Černou a novým "Spolkem pro záchranu budovy kostela v Klení" smlouva o výpůjčce na dobu 10 let. Tento se v současnosti stará o postupnou opravu a údržbu kostela a přilehlého hřbitova. Plánuje v budoucnu ho využít pro veřejnost jako společenský prostor pro pořádání přednášek, koncertů, výstavních expozic apod. Vše podstatné lze nalézt na: www.kostelkleni.czText: historie
13.3. 2024 - Památkový katalog NPÚ; kostelkleni.cz; Wikipedie.cz; Jaroslav Špiroch.