
Stavbu druhého českého kapucínského kláštera v Čechách financovali Polyxena rozená z Pernštejna a její druhý manžel Zdeněk Vojtěch Popel z Lobkovic. Slavnostní vysvěcení základního kamene provedl 3. 5. 1615 pražský arcibiskup Jan Lohelius, kostel byl svěcen roku 1628.
Klášter navázal přímo na zámecký areál, v kostele byla zřízena lobkovická rodinná hrobka. Pro jeho výstavbu bylo nutno přemístit židovské ghetto, které zde existovalo od středověku, na severozápadní okraj města (viz heslo).
Konvent byl rozšířen v letech 1717–20 o budovy po obou stranách západního nádvoří, severní a východní křídlo kolem ambitu. Klášter fungoval pod lobkovickým patronátem až do roku 1948, násilně rozehnán byl o dva roky později. Roku 1952 byl uzavřen kostel. Celý objekt zabrala stejně jako zámek armáda, která jej využívala do 90. let 20. století. Od té doby je prázdný, intenzivně chátrá.